「デジタル化・AI導入補助金とものづくり系の補助金、両方申請していいの？」——複数の補助金を検討し始めた事業者が最初にぶつかる疑問です。答えを先に言うと、補助金の併用そのものは可能です。ただし「同一の経費」に対して複数の補助金を重ねて受け取ることは禁止されています。つまり「会社単位」ではなく「経費単位」で見るのが併用ルールの基本です。AIツールの導入費はA補助金、社員研修の費用はB助成金、というように経費と事業が明確に分かれていれば、1つの会社が同じ年度に複数の制度を使うこと自体は問題ありません。
ただ、この「同一経費の重複NG」原則には根拠法があり、各制度の公募要領にも具体的な禁止規定が書かれています。知らずに踏むと交付決定の取消し・全額返還、最悪の場合は刑事罰まであります。正直、ここを曖昧なまま複数申請するのはかなり危険です。本記事では、法律の根拠から2026年の実際の公募要領の記載、現実的な組み合わせパターン5つまで整理します。
併用の可否を30秒で判定する早見表
まず全体像です。「何と何を組み合わせたいか」で判定が変わります。
| 組み合わせたいもの | 判定 | 条件・注意点 |
|---|---|---|
| 別の事業・別の経費で国の補助金2つ | 原則OK | 経費・事業計画が明確に分かれていること |
| 同一の経費で国の補助金2つ | NG | 重複受給の禁止。発覚時は取消し・返還 |
| 国の補助金＋厚労省系の助成金（経費は別） | 条件付きOK | 雇用関係助成金には「併給調整」あり。労働局に事前確認 |
| 国の補助金＋自治体独自の補助金 | 自治体の要領次第 | 自治体側が「国の補助金との併用不可」と定めている場合がある |
| 補助金＋公的融資（日本政策金融公庫など） | OK | 融資は返済義務のある資金であり、補助金等の重複受給に当たらない |
| 同一制度内の複数枠（通常枠＋セキュリティ枠など） | 制度による | 経費の二重計上は厳禁。要領の複数申請規定を確認 |
各補助金の補助率・上限額の横並び比較は、AI導入に使える補助金5選 徹底比較で詳しくまとめています。本記事は「どう組み合わせるか」に絞って掘り下げます。
なぜ同一経費の重複がNGなのか——根拠は補助金適正化法
併用ルールの土台になっているのが、補助金等に係る予算の執行の適正化に関する法律（昭和30年法律第179号、通称「補助金適正化法」）です。国の補助金はすべてこの法律の枠組みで動いています。
ポイントになる条文は3つあります。
- 第11条（補助事業等の遂行）：補助事業者は交付決定の内容・条件に従って事業を行わなければならず、「いやしくも補助金等の他の用途への使用をしてはならない」と定めています。
- 第17条（決定の取消）・第18条（補助金等の返還）：交付決定の内容や条件に違反した場合、国は交付決定の全部または一部を取り消すことができ、すでに交付済みの補助金には期限を定めて返還を命じなければならない、とされています。
- 第29条（罰則）：「偽りその他不正の手段により補助金等の交付を受け……た者は、五年以下の拘禁刑若しくは百万円以下の罰金に処し、又はこれを併科する」。
同じ経費を2つの補助金に計上して両方から受け取る行為は、この「不正の手段による交付」に該当し得ます。要するに、同一経費の重複受給は「マナー違反」ではなく法律違反です。返還で済まず刑事罰の対象になり得る、という重さをまず押さえてください。
逆に言えば、法律が禁じているのは「同じ経費への二重の国費投入」であって、「1社が複数の補助金を使うこと」ではありません。ここを混同して、使える制度を1つに絞ってしまうのはもったいない判断です。
「事業単位・経費単位」で考える併用の基本
併用可否の判定は、次の3階層で考えると整理しやすいです。
階層1：会社単位——複数制度の利用はOK
1つの会社が同じ年度にデジタル化・AI導入補助金と人材開発支援助成金の両方を使う。これ自体を禁止するルールはありません。実際、設備投資系と人材育成系を組み合わせて活用している中小企業は珍しくないです。
階層2：事業単位——同一事業への重複はNGになりやすい
「AI検品システムを導入する」という1つの事業に対して、2つの補助金から支援を受けるのは原則NGです。たとえば中小企業新事業進出促進補助金の第4回公募要領は、補助対象にならない事業として次を明記しています。
- 「間接直接を問わず国（独立行政法人等を含む）が目的を指定して支出する過去又は現在の他の補助金、助成金、委託費等（以下「補助金等」という。）と同一の補助対象経費を含む事業」
- 「中小企業庁が所管する補助金（中小企業生産性革命推進事業、中小企業等事業再構築促進事業、中小企業省力化投資補助事業等）と同一の補助対象経費を含む事業」
「同一の補助対象経費を含む事業」という書き方に注意してください。経費が1円でも重なっていれば、事業全体が対象外になり得る建て付けです。
階層3：経費単位——ここが絶対線
同じ見積書・同じ発注・同じ支払いを2つの制度に計上する行為は、どの制度でも例外なくアウトです。併用を設計するときは、「この請求書はどの制度の経費か」を1枚単位で仕分けられる状態を作るのが実務の要点になります。経費按分の考え方は新事業進出・ものづくり補助金の経費9区分と按分・相見積り実務も参考になります。
2026年の公募要領は併用をどう書いているか
ここからは実際の公募要領・公式資料の記載を見ていきます。制度ごとに書きぶりが違うので、「一般論」ではなく自分が申請する制度の要領を必ず読む、が大前提です。
デジタル化・AI導入補助金2026（旧IT導入補助金）
令和7年度補正予算事業から「IT導入補助金」は「デジタル化・AI導入補助金」に名称変更されました（中小企業庁公表）。2026年版の公募要領（通常枠）は、申請要件として次を挙げています。
- 「国及び独立行政法人中小企業基盤整備機構（以下「中小機構」という。）その他の独立行政法人の他の補助金等と重複する事業については、補助事業の対象として含んでいないこと」
- 対象外事業者として「他の補助金等において不正行為等を行った事業者」
さらに、通常枠・インボイス枠・セキュリティ対策推進枠へ複数申請する場合の注意として、「補助対象経費の二重計上など、不適切な行為あるいは不正行為が疑われる場合には、交付決定後あるいは補助金交付後等に関わらず、内容を精査したうえで交付決定の取消し及び補助金の全額返還を求める場合がある」と明記されています。同じ制度の複数枠でも、オプション・役務は二重計上になりやすいと事務局自身が警告しているわけです。
中小企業新事業進出促進補助金（第4回）
前述のとおり、国の補助金等と同一の補助対象経費を含む事業は対象外です。加えて実務上重要なのが申告義務です。公募要領には、これまでに交付決定を受けた、または現在申請しているすべての補助金等の実績を応募申請時に電子申請システムへ入力するよう求めたうえで、「実績があるにもかかわらず記載されていない場合、虚偽申請として不採択となります」とあります。
もう1つ見逃せないのがこの記載です。「中小機構および事務局にて不正受給や重複受給の確認を行います」「本補助金の審査にあたっては、中小機構及び中小企業庁所管の他補助金事務局が保有する、申請者に係る他補助金の申請・交付等に関する情報を利用させていただきます」。つまり事務局間で申請・交付情報は共有されており、重複は照合される前提です。「別の事務局だから分からないだろう」は通用しません。なお第4回の公募期間は令和8年3月27日〜6月19日で既に終了しています。次回公募の有無・時期は公式サイトで最新情報を確認してください。
厚労省系の助成金は「併給調整」という別ルール
人材開発支援助成金などの雇用関係助成金には、経産省系の補助金とは別の「併給調整」という仕組みがあります。厚生労働省の「雇用関係助成金の申請にあたって」ページでは、「複数の助成金の支給申請にあたっては、併給調整がかかる場合がありますので、『併給調整早見ツール』によりご確認ください」と案内されています。
併給調整は「同一の経費や訓練に対してどちらか一方しか支給されない」形で働きます。厚労省系同士の組み合わせだけでなく、他省庁の補助金と対象が重なる場合にも調整対象になり得るので、複数制度をまたぐ計画では申請前に管轄の労働局へ確認するのが確実です。ぶっちゃけ、ここは公開資料だけで白黒つけにくい領域なので、電話1本の手間を惜しまないほうがいいです。
現実的な組み合わせパターン5例
ルールを踏まえたうえで、実務でよく検討される組み合わせを5つ挙げます。いずれも「経費と事業を分ける」が大前提です。
例1：AIツール導入×社員研修（デジタル化・AI導入補助金＋人材開発支援助成金）
ソフトウェア・クラウド利用料はデジタル化・AI導入補助金、導入後のAI研修費・訓練期間中の賃金は人材開発支援助成金、という役割分担です。経費の性質がそもそも違うため、重複が起きにくい王道の組み合わせです。ただし前述の併給調整の確認は必須です。AI人材育成に使える制度の全体像はAI人材育成に使える助成金・補助金マップ2026で整理しています。
例2：設備投資×ITツール（新事業進出系の補助金＋デジタル化・AI導入補助金）
新事業向けの建物費・機械装置費は新事業進出系の補助金、既存事業の業務効率化のためのITツールはデジタル化・AI導入補助金、と事業自体を分けるパターンです。注意点は、新事業進出側の要領が「同一の補助対象経費を含む事業」を丸ごと対象外にしていること。事業計画書の段階で対象範囲が重ならないよう設計する必要があり、難易度は例1より上がります。
例3：国の補助金×自治体独自制度
国の制度でカバーできない経費を自治体の制度で補う発想です。ただし判定権は自治体側の交付要綱にあります。自治体制度には「国の補助金との併用可」と明示するものと「国費が充当される事業は対象外」とするものが混在しているため、使いたい自治体制度の要綱の併用規定を先に読むのが正しい順番です。東京都の制度状況は東京都のDX・AI補助金まとめを参考にしてください。
例4：補助金×公的融資
補助金は後払い（精算払い）が基本なので、事業実施中の資金繰りを公的融資でつなぐ組み合わせです。融資は返済義務のある資金であって「補助金等」ではないため、重複受給の問題は生じません。併用というより実務上のセットと考えたほうが自然です。
例5：同一制度内の複数枠
デジタル化・AI導入補助金では通常枠とセキュリティ対策推進枠など複数枠への申請が想定されていますが、公募要領が警告するとおりオプション・役務の二重計上リスクが高い組み合わせです。IT導入支援事業者と経費の切り分けを詰めてから申請してください。
併用でやりがちな失敗と回避策
失敗1：同じ見積書を2つの制度に出してしまう
❌ 「AIシステム一式 500万円」の同じ見積書を2制度の申請書に添付する
⭕ 制度ごとに対象経費を切り分け、見積書・発注・請求・支払いを別々に管理する
一式見積もりは重複の温床です。ベンダーに依頼して、ソフトウェア・ハードウェア・役務などを明細単位で分けた見積もりを取り直しましょう。交付決定後の実績報告で証憑を突き合わせられたとき、支払いの重複はほぼ確実に発覚します。
失敗2：他の補助金の申請歴を申告しない
❌ 「聞かれなかったから」と過去・申請中の補助金を入力欄に書かない
⭕ 応募・交付申請中を含むすべての実績を正直に申告する
新事業進出補助金の公募要領が明言するとおり、記載漏れは「虚偽申請として不採択」です。事務局間の情報共有で照合される前提で、隠すメリットはゼロです。
失敗3：「両方採択されたら得」と考えて両方受給する
❌ 同一経費で2制度に採択されたので、黙って両方の交付手続きを進める
⭕ 同一経費で複数採択となった場合は、事務局に申し出て一方に整理する
受給してしまえば重複受給そのものです。補助金適正化法第17条・18条による取消し・返還、悪質なら第29条の罰則リスクまで進みます。採択の重複が見えた時点で、必ず両方の事務局に相談してください。
失敗4：自治体制度の併用規定を最後に読む
❌ 国の補助金の採択後に自治体制度を調べ始め、「国費充当事業は対象外」の規定に気づく
⭕ 計画段階で国・自治体両方の要領/要綱の併用規定を読み、どの経費をどちらに載せるか先に決める
併用設計は申請前が勝負です。採択後に経費の載せ替えはできません。各制度の公募時期を踏まえた計画づくりには2026年8-12月の5大補助金締切スケジュール総まとめが使えます。
複数申請の前に確認しておく5項目
申請書を書き始める前に、この5つを潰しておけば重複事故はほぼ防げます。
- 経費のマッピング：導入したい設備・ソフト・研修を全部書き出し、経費1件ごとに「どの制度に載せるか」を1対1で割り当てたか
- 要領の併用規定の確認：申請する各制度の公募要領で「重複」「併用」「他の補助金」の記載を原文で読んだか
- 申請歴の棚卸し：過去に交付決定を受けた制度、現在応募・交付申請中の制度をリスト化したか（申告漏れ防止）
- 厚労省系の併給調整確認：雇用関係助成金を組み込む場合、併給調整早見ツールの確認と労働局への相談を済ませたか
- 証憑の分離体制：見積書・契約書・請求書・振込記録を制度ごとに分けて保管する体制を作ったか
重複が発覚した後に何が起きるか——時系列で理解する
「もし重複してしまったら」の帰結も知っておくべきです。ペナルティは段階的に重くなります。
| 段階 | 起きること | 根拠 |
|---|---|---|
| 審査段階で発覚 | 不採択（申請歴の記載漏れは虚偽申請扱い） | 各制度の公募要領 |
| 交付決定後に発覚 | 交付決定の全部または一部の取消し | 補助金適正化法 第17条 |
| 交付後に発覚 | 期限を定めた返還命令 | 補助金適正化法 第18条 |
| 不正の手段と認定 | 5年以下の拘禁刑もしくは100万円以下の罰金、またはその併科 | 補助金適正化法 第29条 |
注意したいのは、デジタル化・AI導入補助金2026の公募要領が「交付決定後あるいは補助金交付後等に関わらず」精査のうえ取消し・全額返還を求める場合があると書いている点です。つまり「もらい終わったら時効」ではありません。事業期間中に他の補助金で不正行為をした場合にも、交付決定の取消しや返還命令の処置を行うことがある、とまで書かれています。1つの制度での事故が、他の制度の受給まで連鎖的に吹き飛ばすリスクがあるわけです。
また、返還だけで終わらない実務上のダメージもあります。デジタル化・AI導入補助金の対象外事業者には「他の補助金等において不正行為等を行った事業者」が明記されており、一度不正認定を受けるとその後の補助金活用の道そのものが閉ざされる可能性が高い。数百万円の補助金のために将来の選択肢を失うのは、どう考えても割に合いません。
経費を分ける実務——按分と消費税の落とし穴
「同じ設備を2制度に載せない」のは分かりやすいのですが、実務ではもう少し細かい論点が出てきます。
按分では重複を解消できないケースが多い
「1つのシステム導入費1,000万円のうち、半分をA補助金、半分をB補助金に載せれば重複しないのでは？」という発想は、多くの制度で通りません。新事業進出補助金の公募要領は「同一の補助対象経費を含む事業」を丸ごと対象外にしているため、金額を按分しても「同一の経費を含む」ことに変わりがないからです。按分が認められるのは、たとえば1つの建物を補助事業部分と既存事業部分で面積按分するような、公募要領が明示的に按分ルールを定めている場面に限られます。自己判断で按分せず、要領の按分規定を確認するか事務局に照会してください。
消費税分の扱いにも「重複」の考え方がある
細かい話ですが、課税事業者の場合は消費税の還付と補助金交付の重複にも注意が要ります。新事業進出補助金の公募要領では、補助事業に係る課税仕入れに伴い消費税等の還付が発生するため、「この還付と補助金交付が重複しないよう、課税仕入の際の消費税及び地方消費税相当額について、原則としてあらかじめ補助対象経費から減額しておく」（消費税等仕入控除税額の減額）こととされています。補助金同士の併用とは別軸の「重複排除」ルールで、見積金額を税込のまま申請すると後で補助額が目減りする典型パターンです。経理担当者か税理士と申請前にすり合わせておきましょう。
証憑管理は「制度ごとに1冊」が鉄則
複数制度を並走させるなら、見積書・契約書・納品書・請求書・振込記録を制度ごとにファイル（フォルダ）分けし、経費明細の対応表を1枚作っておくことをおすすめします。実績報告や事務局検査のとき、「この支払いはどちらの制度の経費か」を即答できる状態にしておけば、疑義をかけられる場面自体が減ります。地味ですが、併用実務の成否はほぼこの管理体制で決まります。
よくある質問
Q. 同じ会社が同じ年度に複数の補助金をもらうこと自体は違法ですか？
いいえ。禁止されているのは「同一の経費」への重複受給であり、事業と経費が明確に分かれていれば、1社が複数の制度を利用すること自体は問題ありません。
Q. 不採択になった事業の経費を、別の補助金に申請し直せますか？
交付決定を受けていない経費であれば、重複受給には当たらないのが基本的な考え方です。ただし新事業進出補助金のように「現在申請している補助金等と同一の補助対象経費を含む事業」を対象外とする制度もあるため、申請中の案件を取り下げてから出し直すなど、各制度の公募要領と事務局への確認を経てから動いてください。
Q. 別々の事務局なら重複は分からないのでは？
分かります。新事業進出補助金の公募要領には、中小機構および事務局が不正受給・重複受給の確認を行うこと、審査にあたり中小企業庁所管の他補助金事務局が保有する申請・交付情報を利用することが明記されています。事務局間の情報共有が前提の運用です。
Q. 補助金と税制優遇（優遇税制・特別償却など）の併用はどうですか？
税制優遇は補助金等とは別の制度体系ですが、取得価額の計算や適用要件に補助金の受給が影響する場合があります。組み合わせる場合は顧問税理士か税務署に確認してください。本記事の射程外なので断定は避けます。
まとめ——併用は「禁止」ではなく「設計」の問題
補助金の併用ルールを一言でまとめると、「制度は複数使ってよい。ただし同じ経費に二重に国費を入れてはいけない」です。根拠は補助金適正化法にあり、各公募要領が同一経費の重複を具体的に禁じ、事務局間の情報共有で照合される仕組みまで整っています。裏を返せば、経費と事業をきれいに切り分けて設計すれば、設備×研修、国×自治体といった組み合わせで自己負担を合理的に圧縮できます。
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- AI導入に使える補助金5選 徹底比較 — どの制度を軸にするか迷ったらまずここから
- 新事業進出・ものづくり補助金 経費9区分と按分・相見積り実務 — 経費の切り分け実務の詳細
この記事は補助金ナビ編集部がお届けしました。
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免責事項
本記事の情報は2026年7月27日時点の各省庁・事務局の公表資料に基づく参考情報です。補助金・助成金の制度内容（併用可否・要件を含む）は公募回や年度により変更される場合があります。申請にあたっては、必ず各制度の公式サイトで最新の公募要領・交付要綱をご確認ください。本記事の情報に基づく申請の結果について、当サイトは一切の責任を負いません。
参考・出典
- 補助金等に係る予算の執行の適正化に関する法律（昭和30年法律第179号） — e-Gov法令検索（参照日: 2026-07-27）
- デジタル化・AI導入補助金2026 公募要領（通常枠） — 中小企業デジタル化・AI導入支援事業事務局（参照日: 2026-07-27）
- デジタル化・AI導入補助金2026の公募要領を公開しました — 中小企業庁（参照日: 2026-07-27）
- 中小企業新事業進出促進補助金 公募要領（第4回） — 中小企業基盤整備機構（参照日: 2026-07-27）
- 雇用関係助成金の申請にあたって — 厚生労働省（参照日: 2026-07-27）
- 人材開発支援助成金 — 厚生労働省（参照日: 2026-07-27）
