両立支援等助成金「柔軟な働き方選択制度等支援コース」は、フレックスタイム制度やテレワークなど対象5制度のうち3つを導入して労働者1人が利用すると20万円、4つ以上の導入なら25万円が支給される中小企業向けの助成金です（1事業主5人まで）。2026年9月4日時点で、令和8年度の変更点は2つ。障害児等を養育する労働者向けの20万円加算が新設されたことと、子の看護等休暇の有給化支援に「実際の利用」が要件として追加されたことです（愛媛労働局・令和8年度両立支援等助成金リーフレット、2026年4月作成）。
申請までに揃えるものは4つです。
- 就業規則等への規定——対象5制度から3つ以上（労働協約でも可）
- 支援方針の社内周知と「育児に係る柔軟な働き方支援プラン」——面談を経て制度利用開始日の前日までに作成
- 対象労働者の利用実績——利用開始から6か月間、一定基準以上
- 一般事業主行動計画の策定・届出——次世代育成支援対策推進法に基づくもの
この4つを軸に、手順どおり進めれば申請可否は自分で判定できます。順番に見ていきましょう。
支給額と対象の早見表
| 項目 | 内容 |
|---|---|
| 助成金名 | 両立支援等助成金 柔軟な働き方選択制度等支援コース |
| 支給額（柔軟な働き方選択制度） | 制度3つ導入＋利用で20万円／4つ以上導入＋利用で25万円（制度利用者1名あたり・1事業主5人まで） |
| 支給額（子の看護等休暇制度有給化支援） | 30万円（1事業主1回限り） |
| 対象事業主 | 中小企業事業主（支給申請の手引き2025年10月版に明記） |
| 対象労働者 | 3歳以降小学校就学前までの子を養育する雇用保険被保険者 |
| 申請先 | 本社等所在地を管轄する都道府県労働局（電子申請も可能） |
| 申請時期 | 通年（制度利用開始から6か月経過後に支給申請） |
補助金のような公募・採択の仕組みではなく、要件を満たして申請すれば審査のうえ支給される「助成金」型です。締切に追われる制度ではありませんが、その分、就業規則の規定内容や手続きの順序が細かく審査されます。
令和8年度の改正点は2つ——加算の新設と「利用実績」の要件化
前提として、このコースの背景にあるのは令和7年10月施行の改正育児・介護休業法です。事業主は3歳から小学校就学前までの子を養育する労働者に対し、始業時刻等の変更（フレックスタイム制または時差出勤）・テレワーク等・保育施設の設置運営等・養育両立支援休暇・短時間勤務制度の5つの措置から2つ以上を選択して講じる義務を負いました。あわせて、3歳未満の子を養育する労働者への個別周知・意向確認も義務化されています。本コースは、この法定義務（2つ）を上回る「3つ以上」の導入と利用実績に助成金を出す、いわば上乗せインセンティブの位置づけです。
そのうえで、愛媛労働局が公表した令和8年度両立支援等助成金の案内（2026年4月作成リーフレット）で確認できる本コースの変更点を、令和7年度と比較して整理します。
| 項目 | 令和7年度（2025年10月施行後） | 令和8年度 |
|---|---|---|
| 障害児等を養育する労働者への対応 | 加算なし | 子が18歳になる年度末まで利用可能とした場合、20万円を加算（新設） |
| 子の看護等休暇制度有給化支援の要件 | 法を上回る有給の子の看護等休暇制度の導入 | 導入に加えて労働者が制度を一定基準以上利用したことが必要 |
| 基本の支給額 | 3つ導入20万円／4つ以上25万円 | 変更なし |
1つ目の障害児等要配慮支援加算は、障害児や医療的ケア児を育てる労働者が制度を利用できる期間を「18歳になる年度末まで」に延長した場合の加算です。柔軟な働き方選択制度・子の看護等休暇有給化支援のどちらにも適用されます。
2つ目は実務上の影響が大きい変更です。令和7年度までの子の看護等休暇有給化支援は、規定を整備すれば（利用者が出る前でも）30万円の対象になり得ました。令和8年度からは「実際に労働者が使った」ことまで求められます。規定だけ作って利用ゼロ、という状態では申請できません。正直、就業規則の改定だけで済ませたかった企業には痛い変更ですが、制度の実効性を問う方向への改正といえます。
なお、令和7年10月施行時点のリーフレットでは、①②の制度を中学校修了までの子に利用可能とした場合の制度利用期間延長加算20万円（1事業主1回限り）と、育児休業取得状況等の情報公表加算2万円（同）も案内されています。加算のみの受給はできません。加算の適用条件は年度により見直されるため、申請前に管轄労働局で最新の支給要領を照合してください。
Step 1：対象5制度から3つ以上を就業規則に規定する
「柔軟な働き方選択制度」として認められるのは次の5つ（6種類）です。3歳以降小学校就学前までの子を養育する労働者が利用できる制度として規定します。
| 制度 | 支給対象となる要件のポイント |
|---|---|
| ①(i) フレックスタイム制度 | 労働者の申出で利用可能。清算期間の総労働時間を短縮せずに利用できるもの |
| ①(ii) 時差出勤制度 | 1日の所定労働時間を変えずに始業・終業を1時間以上繰り上げ／繰り下げ |
| ② 育児のためのテレワーク等 | 週または月の勤務日の半数以上利用でき、時間単位で実施可能なこと |
| ③ 短時間勤務制度 | 1日の所定労働時間を平均1時間以上短縮（原則6時間とする措置を含む） |
| ④ 保育サービスの手配・費用補助 | ベビーシッター等の臨時的・一時的保育の手配と費用の全部・一部補助の両方を行うもの |
| ⑤ 養育両立支援休暇制度 | 有給・年10労働日以上・時間単位かつ中抜け可・年休や子の看護等休暇と別枠 |
ここで最大の落とし穴がひとつ。フレックスタイム制度と時差出勤制度は類似制度として「合わせて1つ」とカウントされます（厚生労働省Q&A 2025年度10月版・Q選11）。「フレックス＋時差出勤＋テレワーク」の3本柱では2制度扱いとなり、要件を満たしません。
各制度の細部にも審査基準があります。判定に効く仕様を3つ挙げます。
- 短時間勤務制度——1日の所定労働時間を原則6時間とする措置のほか、5時間や7時間とする措置、短縮する曜日を固定する措置、週休3日とする措置も選択肢に含められます。ただし短縮後の始業・終業時刻の決め方が規定されていない場合や、1日は短縮しても週・月の所定労働日数を増やして総労働時間が減っていない場合は支給対象外です
- 養育両立支援休暇制度——年次有給休暇を取得した場合と同等の賃金が必要で、「賃金の半額を支給」といった設計は対象になりません（Q選22）。年休・子の看護等休暇とは別枠で年10労働日以上の付与が要件です
- 保育サービスの手配・費用補助——カフェテリアプラン経由でも、労働者の負担が正規料金の5割相当となる補助であれば事業主が5割負担したとみなされます（Q選19）。テレワーク等の実施場所は自宅のほか、事業主が認めるサテライトオフィス等も対象にできます
もう1点、朗報もあります。制度は新規導入でなくても構いません。従前から要件を満たす制度を就業規則に置いている事業主も支給対象です（同Q&A・Q選12）。改正育児・介護休業法（令和7年10月施行）への対応で柔軟な働き方の措置をすでに整備した会社なら、規定内容が助成金の要件水準に達しているかを見るだけで、Step 1はクリアできている可能性があります。
ただし法対応イコール助成金対応ではありません。法律上の義務は「5つの措置から2つ以上」ですが、助成金は「3つ以上」。また、たとえばテレワークは法律上「月10日以上」で足りますが、助成金では「勤務日の半数以上利用できる措置」が求められます。養育両立支援休暇も、法律の「年10日・原則時間単位」に対し、助成金は「有給（年休同等の賃金）・中抜け可」まで必要です。法定ぎりぎりの規定は、助成金の審査では基準未達になり得る——ここが判定の分かれ目です。
パートタイム労働者を一律に対象から除外する規定は、合理的な理由が認められず支給対象外と判断されます（同Q&A・Q選5）。規定を作るときに職種や雇用区分で線を引きたくなったら、一度立ち止まってください。
Step 2：方針の周知とプラン作成を「利用開始日の前日」までに終える
制度の規定と並んで、審査で重視されるのが支援の手続きです。順序を間違えると支給されません。
- 方針の社内周知——「育児に係る柔軟な働き方支援プラン」により制度利用とその後のキャリア形成を支援する方針を、明文化された文書（電子的方法も可）で全労働者へ周知する
- 面談の実施——制度利用を希望する労働者と面談し、「面談シート」に記録する
- プランの作成——面談結果を踏まえ、利用期間中の業務体制の検討と、制度利用後のキャリア形成支援の2つの措置を盛り込んだプランを作る
この3点はすべて、対象労働者の制度利用開始日の前日までに済ませる必要があります（支給申請の手引き2025年10月版）。「まず使い始めてもらって、書類は後から」は通りません。ぶっちゃけ、この順序ミスが実務で一番多いつまずきです。
周知は就業規則への規定でも社内報でも構いませんが、プランそのものではなく「今後もプランによる支援を実施していく」という方針の周知である点に注意してください（Q&A・Q選6）。
Step 3：対象労働者が6か月間、制度を一定基準以上利用する
プラン作成後、対象労働者が柔軟な働き方選択制度のうち1つを、利用開始から6か月間で一定の基準以上利用したことが支給要件です。利用状況の考え方で誤解しやすい点をまとめます。
- 対象は3歳以降小学校就学前の子を養育する労働者。3歳未満の子でも、就業規則に対象とする旨の規定があれば対象になりますが、短時間勤務の利用だけは3歳未満では対象外です（3歳までの短時間勤務は法律上の義務のため。Q&A・Q選8）
- 同一労働者が複数制度を使う場合、6か月の制度利用期間が重複していると2つ以上の支給は受けられません（Q選3）
- フレックスやテレワークを育児以外の理由でも使える制度にしている場合、育児のために利用したことが利用申出書等で確認できる日だけが実績にカウントされます（Q選14）
- 対象労働者は制度利用期間中と支給申請日に雇用保険被保険者であることが必要です
- 育児休業の取得は前提条件ではありません。育休を取らずに制度を使い始めた労働者も対象です（Q選23）
6か月経過後に、管轄の都道府県労働局へ支給申請します。両立支援等助成金は電子申請にも対応しています。
子の看護休暇の助成金はこのコース｜有給化支援30万円の要件
「子の看護休暇に使える助成金はあるのか」という検索でたどり着く方が多いので、この記事の要点をここにまとめておきます。育児・介護休業法上の「子の看護等休暇」を法を上回る有給の制度として新たに導入し、労働者が実際に利用した事業主に、両立支援等助成金の柔軟な働き方選択制度等支援コースから30万円（1事業主1回限り）が支給されます。これが「子の看護休暇の助成金」の正体で、独立した別制度があるわけではありません。
- 対象になる制度：法定水準（無給）を上回る有給の子の看護等休暇制度。法定どおり無給のままでは対象外です
- 導入時期の要件：令和7年10月1日以降の新規導入が要件で、従前から有給化していた事業主は対象外です（厚生労働省Q&A・Q看1）
- 令和8年度からの追加要件：規定を整備するだけでなく、労働者が制度を一定基準以上利用したことが必要になりました。「規定を作ったが誰も使っていない」段階では申請できません
- 加算：障害児等を養育する労働者が子が18歳になる年度末まで利用できるようにした場合、20万円の加算があります（令和8年度新設・柔軟な働き方選択制度と共通）
- 回数：有給化支援は1事業主1回限りです。柔軟な働き方選択制度の支給（制度利用者1名あたり）とは別枠です
就業規則への規定の仕方、周知・プラン作成の期限、6か月の利用実績の数え方は本記事のStep 1〜3のとおりです。コース全体の位置づけと他コースとの組み合わせは 両立支援等助成金の申請方法と全コース完全解説 を、支給要領と様式は 厚生労働省「両立支援等助成金」 をご確認ください。
複数人・複数回の申請はどこまで可能か
1事業主5人までという枠の中で、実務上よくある「この場合は何人分？」を公式Q&Aの回答で整理します。
| ケース | 取り扱い |
|---|---|
| 同じ労働者が別の子について同じ制度を再度利用 | 子ごとに面談・プラン作成をすれば再度対象。ただし6か月の制度利用期間が重複しないこと（Q選1） |
| 同じ労働者が同じ子について別の制度を利用 | 制度ごとに面談・プラン作成をすれば対象。利用期間の重複は不可（Q選2） |
| 複数の子の利用実績を合算して申請 | 合算は可能。ただし支給額の算定上、制度利用者は1人と数える（Q選4） |
| 夫婦が同じ会社で養育両立支援休暇を利用 | 利用時間を合計して申請できる。各自が面談・プラン・実績要件を満たせば、それぞれ1人分として申請することも可能（Q選20） |
要するに、面談とプランを「子ごと・制度ごと」に丁寧に積み、6か月の利用期間をずらして設計すれば、同じ労働者でも複数回の受給余地があります。5人枠を最大限使うなら、人事側で利用開始日のカレンダー管理をしておくと後がラクです。
3つ導入済みの企業向け・申請可否の判定チェックリスト
改正育児・介護休業法対応で柔軟な働き方の制度をすでに3つ以上入れた会社が、そのまま申請できるかをここで判定しましょう。すべてはいなら、申請できる可能性が高い状態です。
| チェック項目 | つまずくパターン |
|---|---|
| 中小企業事業主に該当するか | 資本金・常用労働者数が中小企業の範囲を超えている |
| 「3つ」の数え方は正しいか | フレックス＋時差出勤を2つと数えていた（合わせて1つ扱い） |
| 各制度が助成金の水準を満たすか | テレワークが勤務日の半数未満しか使えない、養育両立支援休暇が無給または年10日未満 |
| 3歳〜小学校就学前の子の労働者が使える設計か | 利用期間を「3歳まで」で区切っている |
| パート等を一律除外していないか | 「正社員に限る」の一文で支給対象外に |
| 方針周知・面談・プランが利用開始前日までに完了しているか | 利用開始後にプランを後追い作成した |
| 一般事業主行動計画を労働局に届け出ているか | 101人未満の企業で未策定のまま（届出は支給要件） |
| 対象労働者が雇用保険被保険者か | 役員や被保険者でない短時間勤務者を対象にしていた |
ひとつでも「いいえ」があるなら、そこが是正ポイントです。規定の手直しで解決できる項目が大半ですが、プラン作成の時期だけは巻き戻せません。これから制度を使い始める労働者から順番を守って進めてください。
両立支援等助成金にはこのほか出生時両立支援コースや介護離職防止支援コースなどもあります。全体像は両立支援等助成金の申請方法と全コース解説で、男性育休関連の令和8年度改正は出生時両立支援コース第二種の令和8年度改正点で整理しています。
他コースと組み合わせると受給額はさらに伸びる
両立支援等助成金は6コース構成で、それぞれ別の取り組みに対して支給されます。柔軟な働き方選択制度等支援コースと相性がよいのは次の2つです（いずれも愛媛労働局・令和8年度リーフレットに記載）。
- 育休中等業務代替支援コース（手当支給等・短時間勤務）——短時間勤務者の業務を代替する労働者に手当を支給した場合、業務体制整備費として最大20万円、業務代替手当の4分の3（最大108万円）が助成されます。本コースで短時間勤務制度の利用者が出たとき、その業務を支えた同僚への手当がこちらの対象になり得ます
- 出生時両立支援コース——男性労働者が子の出生後8週以内に育児休業を開始した場合に1人目20万円、男性の育休取得率が30ポイント以上上昇し50％以上を達成した場合等に60万円が支給されます。育児期の柔軟な働き方整備と男性育休の促進を同時に進める会社なら、両輪で申請余地があります
ただしコースごとに要件・回数制限・併給調整があるため、複数コースを狙う場合こそ支給要領の突き合わせが欠かせません。意外と知られていませんが、どのコースも一般事業主行動計画の策定・届出が土台になるので、まずそこを片付けるのが近道です。
申請でつまずきやすいポイント4つ
その1：制度カウントの誤り
❌ フレックスタイム制度と時差出勤制度を導入し「2制度」と申告した。
⭕ 両者は合わせて1制度。25万円（4つ以上）を狙うなら、テレワーク等・短時間勤務・保育サービス補助・養育両立支援休暇から3つを組み合わせて実質4制度以上にする。
その2：法定水準どまりの子の看護等休暇
❌ 育児・介護休業法第16条の2どおりの子の看護等休暇（無給）のまま有給化支援を申請した。
⭕ 有給（年休同等の賃金）・子の人数にかかわらず年10日以上・時間単位＋中抜け可、の3点で法を上回る制度にする。なお従前から有給の看護休暇を導入済みの事業主は対象外で、令和7年10月1日以降の新規導入が要件（Q&A・Q看1）。令和8年度はさらに利用実績が必要。
その3：保育サービス「費用補助のみ」の制度設計
❌ ベビーシッター代の補助制度だけを作った。
⭕ 手配と費用補助の両方を行う制度が要件（Q選16）。また保育所の延長保育など恒常的な保育は対象外で、臨時的・一時的な保育サービスに限られる（Q選17）。
その4：加算だけを取りにいく
❌ 情報公表加算2万円や延長加算だけを単独で申請した。
⭕ 加算のみの受給はできない。基本支給（20万円または25万円、あるいは有給化支援30万円）とセットで申請する。
よくある質問
Q1. 柔軟な働き方選択制度等支援コースは誰がもらえるのですか？
中小企業事業主が対象です。3歳以降小学校就学前までの子を養育する雇用保険被保険者の労働者が、就業規則等に規定された対象制度を利用した場合に、事業主に支給されます。労働者個人が受け取る給付ではありません。個人向けの育児関連給付は育児休業給付金の上限額・計算方法を参照してください。
Q2. 何人まで申請できますか？
柔軟な働き方選択制度は制度利用者1名あたり20万円または25万円で、1事業主5人までです。子の看護等休暇制度有給化支援（30万円）は1事業主1回限りです。
Q3. いつから使えますか？
現行の枠組みは改正育児・介護休業法の施行に合わせて令和7年10月から始まっており、令和8年度も継続しています。申請は公募制ではなく通年で、対象労働者の6か月の制度利用が終わってから支給申請します。
Q4. すでに制度を導入済みでも対象になりますか？
柔軟な働き方選択制度は、従前から要件を満たす制度を導入している事業主も対象です（新規導入は要件ではありません）。一方、子の看護等休暇の有給化支援は令和7年10月1日以降の新規導入が要件で、従前から有給化していた事業主は対象外です。
Q5. 支給申請から入金までの流れは？
対象労働者の6か月の制度利用期間が終わってから、管轄の都道府県労働局に支給申請します。労働局の審査を経て支給決定・振込となるため、制度利用開始からの期間で見ると入金までは半年以上かかる想定でスケジュールを組んでください。具体的な申請期限・提出書類は支給申請の手引きと最新の支給要領で確認できます。
Q6. 令和8年度の変更点だけ教えてください。
2点です。①障害児や医療的ケア児を養育する労働者について、制度の利用期間を子が18歳になる年度末まで延長した場合の20万円加算が新設されたこと。②子の看護等休暇制度有給化支援に、規定の整備だけでなく労働者が一定基準以上利用したことが要件として加わったことです。
結論
改正育児・介護休業法対応で柔軟な働き方の制度を3つ以上導入した中小企業なら、本コースはかなり射程内にあります。判定の急所は3つでした。フレックス＋時差出勤は1制度カウントであること、各制度が法定水準を上回る助成金基準を満たすこと、そして面談・プラン作成を制度利用開始の前日までに終える順序です。令和8年度は障害児等の20万円加算という上積み材料が加わった一方、看護休暇の有給化支援は利用実績まで求められるようになりました。規定の整備状況をチェックリストに当て、これから制度を使う労働者がいるなら、面談とプラン作成の日程から逆算して動き始めてください。
支給要件の最終判断は管轄の都道府県労働局が行います。個別事案の判定や申請書類の作成は、社会保険労務士など専門家への相談も検討してください。
参考・出典
- 愛媛労働局「令和8年度 両立支援等助成金のご案内」（2026年4月作成リーフレット・令和8年度改正内容）
- 厚生労働省「子ども・子育て両立支援等助成金のご案内」
- 厚生労働省「両立支援等助成金（柔軟な働き方選択制度等支援コース）支給申請の手引き」（2025年10月版）
- 厚生労働省「両立支援等助成金（柔軟な働き方選択制度等支援コース）Q&A」（2025年度10月版）
- 厚生労働省「育児・介護休業法（令和7年10月施行部分）及び両立支援等助成金のご案内」（2025年9月作成）
本記事の内容は2026年9月4日時点の公表情報に基づきます。支給額・要件は年度途中でも変更される場合があります。申請にあたっては、必ず厚生労働省・都道府県労働局の最新の支給要領をご確認ください。本記事は情報提供を目的としており、支給を保証するものではありません。
この記事は補助金ナビ編集部がお届けしました。
