助成金の支給申請で添付する賃金台帳は、「対象労働者に賃金が実際に支払われたこと」を労働局が確認するための中核証憑です。結論として、労働基準法108条と同法施行規則54条が定める法定記載事項（労働時間数・延長時間数・賃金の種類ごとの額など）がすべて記載されていて、出勤簿・タイムカードと突き合わせて数字が合っていれば、賃金台帳が原因で差し戻されることはまずありません。クラウド給与ソフトからの出力でも、法定事項が揃っていれば原則そのまま使えます。
逆に言うと、審査で引っかかる賃金台帳のパターンはかなり決まっています。労働時間数の欄がない給与明細を代用してしまう、タイムカードの残業時間と割増賃金の額が合わない、訓練実施日に欠勤しているのに訓練時間分の賃金助成を申請している、といった不備です。この記事では、人材開発支援助成金・キャリアアップ助成金の支給申請を想定して、賃金台帳の法定記載事項、労働局が見るポイント、突合で不備になる典型例、給与ソフト出力の可否、保存期間までを一気に整理します。
賃金台帳が支給申請の「主戦場」になる理由
雇用関係助成金の支給審査は、書類の突合作業です。事業主が申請書に書いた内容と、賃金台帳・出勤簿・タイムカード・雇用契約書といった客観証憑が一致しているかを、労働局の担当者が1件ずつ照合します。
なかでも賃金台帳の比重が大きいのは、多くのコースで「賃金の支払い」そのものが支給要件になっているからです。
- 人材開発支援助成金：訓練期間中に通常の賃金を支払っていることが賃金助成の前提。支給申請時には訓練期間を含む賃金締切期間分の賃金台帳と、訓練期間分の出勤簿・タイムカードの添付が求められます。
- キャリアアップ助成金（正社員化コース）：転換前6か月と転換後6か月の賃金を比較して3%以上増額していることが必須要件。この比較の根拠になるのが転換前後の賃金台帳です。厚生労働省の令和8年度版パンフレットでも、賃金の増額確認は支給審査の中心に位置づけられています。
つまり賃金台帳は「添付書類のひとつ」ではなく、支給額の計算根拠そのものです。ここが崩れると、書類の差し戻しでは済まず、不支給に直結します。正直、訓練カリキュラムの完成度より賃金台帳の整合性のほうが、審査実務では重いと感じる場面が多いです。
支給申請書そのものの書き方や様式・添付書類の全体像は、人材開発支援助成金 支給申請書の書き方｜様式・添付書類・不備例で詳しく解説しています。
賃金台帳の基本情報（根拠法令と様式）
| 項目 | 内容 |
|---|---|
| 作成義務の根拠 | 労働基準法第108条（事業場ごとに調製し、賃金支払いの都度、遅滞なく記入） |
| 記載事項の根拠 | 労働基準法施行規則第54条 |
| 参考様式 | 様式第20号（常用労働者）・様式第21号（日々雇い入れられる者）。厚生労働省の主要様式ダウンロードコーナーで入手可能 |
| 保存期間 | 5年（当分の間は経過措置により3年。労働基準法第109条・第143条） |
| 電子データでの調製・保存 | 可。法定事項が網羅され、画面表示・印字ができることが条件 |
| 違反時の罰則 | 30万円以下の罰金（労働基準法第120条） |
様式第20号・21号はあくまで参考様式で、この形式でなければいけないわけではありません。自社フォーマットでも給与ソフトの出力でも、次に見る法定記載事項が揃っていれば賃金台帳として有効です。
労基法108条・施行規則54条が求める記載事項
労働基準法施行規則第54条が定める賃金台帳の記載事項は、次のとおりです。助成金の支給申請前に、自社の賃金台帳にこの項目がすべてあるかを見てください。
| # | 記載事項 | 助成金審査での意味 |
|---|---|---|
| 1 | 氏名 | 対象労働者の特定。申請書の氏名と一字一句一致しているか |
| 2 | 性別 | 法定事項。給与明細にはない項目なので代用時に欠落しやすい |
| 3 | 賃金計算期間 | 訓練期間・転換日とどの締切期間が対応するかの特定に使う |
| 4 | 労働日数 | 出勤簿・タイムカードの出勤日数と突合される |
| 5 | 労働時間数 | 訓練時間中の賃金支払い確認の基礎。欠落が最も多い項目 |
| 6 | 時間外・休日・深夜の労働時間数 | 割増賃金の額との整合を見られる |
| 7 | 基本給・手当その他賃金の種類ごとの額 | キャリアアップ助成金の3%増額比較は賃金の内訳ベースで行う |
| 8 | 賃金の一部を控除した場合はその額 | 社会保険料・住民税等の控除の透明性 |
なお、日々雇い入れられる者については賃金計算期間の記載は不要とされています（施行規則54条ただし書）。また、管理監督者など労働時間規制の適用がない労働者については労働時間数等の記載義務が緩和されますが、助成金の対象労働者は一般の労働者であることがほとんどなので、実務上は全項目あるものとして整えるのが安全です。
条文の原文はe-Gov法令検索の労働基準法と労働基準法施行規則で確認できます。
労働局の審査担当者は賃金台帳のどこを見るか
訓練時間中に賃金が支払われているか（人材開発支援助成金）
賃金助成は「所定労働時間内に訓練を受けさせ、その時間分の賃金を通常どおり支払った」ことへの助成です。審査では、訓練実施日の出勤記録と賃金台帳の労働時間数・支給額を突き合わせて、訓練時間分が欠勤控除されていないか、無給扱いになっていないかを見られます。
ここで問題になるのが、訓練実施日にやむを得ず受講できなかったケースの処理です。欠席した時間分をそのまま申請すると不整合になります。受講できなかった事情を説明する書類として受講料疎明書（様式第28号）等が用意されているので、実態に合わせて正しく処理してください。書き方は受講料疎明書（様式28号）の書き方・記入例にまとめています。
割増賃金と時間外労働時間数の整合
賃金台帳には時間外・休日・深夜の労働時間数を記載する欄があります。審査担当者はこの時間数と支給欄の割増賃金額を見比べます。時間数が載っているのに割増賃金がゼロ、あるいはその逆だと、「この事業所の賃金管理は正確なのか」という目で全書類を見られることになります。
助成金の要件そのものではなくても、労働関係法令の重大な違反が疑われる状態は不支給や調査対象化のリスク要因です。ぶっちゃけ、未払い残業の痕跡がある賃金台帳を労働局に自分から提出するのはかなり危険です。申請前に是正しておくべきポイントです。
賃金締切期間と対象期間の対応関係
賃金台帳は賃金計算期間（例：毎月16日〜翌月15日）単位で作られますが、助成金の対象期間は訓練期間や転換日基準の6か月で区切られます。この2つはズレるのが普通です。審査側は「対象期間をカバーする全部の締切期間分」の台帳を求めるため、月の途中に訓練が始まった場合は、その月を含む締切期間の分から必要になります。1か月分足りないだけで差し戻しになるので、提出範囲は締切期間ベースで数えてください。
コース別・賃金台帳の提出範囲の考え方
「何か月分の賃金台帳を出せばいいのか」はコースによって違います。代表的な整理は次のとおりです。いずれも、実際の提出範囲は申請時点の支給要領・支給申請の様式に付属するチェックリストが正になります。
| 助成金・コース | 賃金台帳の対象期間 | セットで突合される書類 |
|---|---|---|
| 人材開発支援助成金（人材育成支援コース・事業展開等リスキリング支援コース等） | 訓練期間を含む賃金締切期間分 | 出勤簿・タイムカード（訓練期間分）、訓練実施結果の報告書類 |
| キャリアアップ助成金（正社員化コース） | 転換前6か月分＋転換後6か月分 | 雇用契約書・労働条件通知書、就業規則、出勤簿 |
| キャリアアップ助成金（賃金規定等改定コース等の処遇改善系） | 改定前後の比較に必要な期間分（取組後6か月分の賃金支払い確認を含む） | 賃金規定、対象労働者への確認書類 |
共通するのは、賃金台帳が単独で審査されるのではなく、必ず出勤簿・契約書類とセットで突合されるという点です。台帳だけ完璧に整えても、突合先の出勤簿が崩れていれば同じことになります。3点セット（賃金台帳・出勤簿またはタイムカード・雇用契約書類）を同じ精度で揃える、と覚えてください。
なお、キャリアアップ助成金の賃金比較でどの手当まで含めるか（基本給のみか、定額の諸手当を含むか）は、年度・コースごとに支給要領で細かく定義されています。ここは自己判断せず、申請年度のパンフレットと支給要領の定義に合わせて計算してください。比較対象の範囲を取り違えると、3%以上増額しているつもりが要件割れしていた、という事故が起きます。
タイムカードとの突合で不備になる例4つ
事例区分: 想定シナリオ
以下は、支給申請の書類整備を支援してきた経験と労働局の公表資料をもとに構成した典型的な不備パターンです。特定の実在企業の事例ではありません。
不備1: 給与明細を「賃金台帳」として提出してしまう
❌ 給与ソフトの「給与明細一括印刷」をそのまま添付する
⭕ 労働時間数・労働日数・性別まで載った「賃金台帳」帳票を出力して添付する
給与明細には支給額と控除額は載っていても、労働時間数・労働日数・性別が載っていないことが多く、施行規則54条の法定事項を満たしません。「賃金の支払いは事実なのに、書類の種類が違うせいで差し戻し」という一番もったいないパターンです。給与ソフトにはたいてい「賃金台帳」という別帳票があるので、そちらを出力してください。
不備2: タイムカードの残業時間と賃金台帳の割増賃金が合わない
❌ タイムカード上は月20時間の残業があるのに、賃金台帳の時間外労働時間数が0時間・割増賃金の支給もなし
⭕ タイムカード・出勤簿・賃金台帳の三者で時間数と金額が一致した状態にしてから申請する
打刻データと台帳の乖離は、突合作業で最も見つかりやすい不備です。固定残業代を採用している場合も、賃金台帳上で固定残業代が手当として区分表示され、実残業時間数が記載されていないと整合を説明できません。乖離がある場合は、原因（打刻ルール・端数処理・申請承認制など）を説明できる状態にしておくか、未払いがあるなら精算してから申請します。
不備3: 訓練実施日に欠勤・有休なのに訓練時間分を申請している
❌ 訓練実施報告上は受講扱いのまま、出勤簿では欠勤・賃金台帳では欠勤控除
⭕ 受講できなかった時間は助成対象から除外し、事情に応じて疎明書等で説明する
訓練実施報告・出勤簿・賃金台帳の3点はセットで照合されます。1つでも食い違うと、その日の受講実態そのものを疑われ、確認が全期間に広がります。訓練の中抜け・早退・欠席は、起きた時点で3書類の扱いを揃えておくのが鉄則です。
不備4: 転換前6か月分の賃金台帳が揃っていない（キャリアアップ助成金）
❌ 正社員転換後6か月分だけ提出し、転換前の期間は「前の給与ソフトなので出せない」
⭕ 転換前6か月・転換後6か月の両方を、同じ賃金項目の区分で比較できる形で揃える
正社員化コースの3%以上増額要件は、転換前後それぞれ6か月分の賃金の比較で判定されます。期中に給与ソフトを乗り換えた場合や、賃金体系（時給→月給）が変わった場合でも、比較可能な台帳を両期間分そろえる必要があります。旧ソフトの契約を切る前に、過去分の賃金台帳をPDFで出力して保管しておいてください。コース別の様式はキャリアアップ助成金 様式一覧で確認できます。
クラウド給与ソフトからの出力で足りるか
足ります。賃金台帳は紙で調製する義務はなく、電子データでの作成・保存が認められています。条件は次の2点です。
- 施行規則54条の法定記載事項が過不足なく含まれていること
- 労働基準監督官の臨検や労働局の求めに応じて、直ちに画面表示・印字できる状態にあること
主要なクラウド給与ソフトには「賃金台帳」出力機能があり、通常はこれで法定事項をカバーできます。ただし2点だけ注意があります。
1つ目は出力設定。勤怠データを連携していない運用だと、労働時間数・労働日数の列が空欄のまま出力されることがあります。空欄の賃金台帳は不備1と同じ扱いになるため、提出前に必ずPDFを開いて全項目が埋まっているかを見てください。
2つ目は過去データの保持。ソフトの解約・乗り換えで過去年度の閲覧権限が切れると、保存義務を果たせなくなります。年度末ごとに賃金台帳をPDF出力してローカル・社内ストレージに残しておく運用が安全です。
電子申請で提出する場合のPDFの作り方
雇用関係助成金は、雇用関係助成金ポータルからの電子申請に対応が進んでいます。賃金台帳を電子申請で添付する場合、紙の窓口提出とは別の落とし穴があります。
- スキャン品質：紙の台帳をスキャンして添付する場合、数字が読めない解像度だと補正（追加提出）の連絡が来ます。金額・時間数の桁が潰れていないかを提出前に原寸で見てください。
- ファイルの分け方：「賃金台帳（対象労働者A・2025年10月〜2026年3月）」のように、誰の・どの期間の台帳かがファイル名だけで分かる形にすると、審査側の照合が速く、補正依頼も減ります。全従業員分を1つの巨大PDFにまとめるのは避けたほうがいいです。
- 出力の切れ：給与ソフトから直接PDF出力する際、横長の帳票が用紙からはみ出して右端の列（控除額など）が切れることがあります。切れた状態は記載事項の欠落と同じ扱いです。出力を横向き・縮小に設定して全列が入っているかを見てください。
- マスキングのしすぎに注意：個人情報保護の意識でマイナンバー等を隠すのは正しい対応ですが、審査に必要な氏名・金額・時間数まで黒塗りすると証憑として機能しません。隠してよいのは審査に関係しない情報だけです。
電子申請でも紙でも、審査で見られるポイント自体は変わりません。「読める・特定できる・突合できる」の3条件を満たすPDFになっているか、という視点でチェックしてください。
保存期間は5年（当分の間3年）
賃金台帳の保存期間は、労働基準法第109条で5年と定められています。ただし第143条の経過措置により、当分の間は3年とされています。2020年4月の改正で「3年→原則5年」に延長された経緯があり、経過措置はいずれ終了する前提の制度設計です。今から整える台帳は5年保存を標準にしておくのが現実的です。
起算日は「最後の記入をした日」です。作成日ではない点に気をつけてください。たとえば2026年3月分まで記入した台帳なら、最後に記入した日（3月分の給与を支払って記入した日）から数えて保存期間をカウントします。退職者の分も同じ扱いで、退職したからといってすぐ廃棄してよいわけではありません。保存義務に違反すると労働基準法第120条により30万円以下の罰金の対象になります。
助成金の観点ではもうひとつ重要な点があります。支給決定後も、労働局による調査や会計検査の対象になる可能性があるため、支給申請に使った賃金台帳・出勤簿一式は申請書の控えとセットで保管しておくべきです。補助金側の証憑保存の考え方は補助金の確定検査で見られる5つの証憑と減額回避術が参考になります。
支給申請前の賃金台帳チェックリスト
- 「給与明細」ではなく「賃金台帳」帳票を出力したか
- 氏名・性別・賃金計算期間・労働日数・労働時間数の全項目が埋まっているか
- 時間外・休日・深夜の時間数と割増賃金の額が対応しているか
- タイムカード・出勤簿の日数・時間数と台帳の数字が一致しているか
- 対象期間（訓練期間・転換前後6か月）をカバーする全締切期間分が揃っているか
- 訓練実施報告と出勤・賃金の記録に食い違いがないか
- 申請書の氏名・生年月日等と台帳の記載が一致しているか
- 提出用PDFに他の従業員の情報が不要に混ざっていないか（対象労働者分を特定できる形で提出）
賃金台帳以外も含めた申請前の総点検は、人材開発支援助成金 申請前チェックリストとあわせて使ってください。
よくある質問
Q. 賃金台帳の代わりに給与明細や源泉徴収簿を出してもいいですか？
A. 原則として賃金台帳を提出してください。給与明細や源泉徴収簿には労働時間数・労働日数など施行規則54条の法定事項が欠けていることが多く、差し戻しの典型原因です。なお、賃金台帳と源泉徴収簿を1つの帳票にまとめて調製すること自体は、双方の法定事項を満たしていれば認められています。
Q. 賃金台帳は事業場ごとに必要ですか？本社で一括管理していますが。
A. 労働基準法108条は「事業場ごと」の調製を求めています。クラウドソフトで本社一括処理していても、事業場単位で出力・特定できる状態であれば実務上対応できます。支給申請では対象労働者が所属する事業場の管轄労働局に申請するため、事業場単位で台帳を切り出せるようにしておいてください。
Q. 賃金の支払いが申請期限に間に合いそうにありません。台帳だけ先に作ってもいいですか？
A. 賃金台帳は賃金を「支払う都度」記入するものです。支払い実績のない期間の台帳を先に作って申請することはできません。支給申請の期限は「対象期間分の賃金を支払った日の翌日」から起算する設計（キャリアアップ助成金正社員化コースなら6か月分の賃金支払日の翌日から2か月以内）なので、支払いを済ませてから申請する流れになります。
Q. 手書きやExcelの賃金台帳でも大丈夫ですか？
A. 大丈夫です。様式は法定されておらず、手書き・Excel・給与ソフト出力のいずれでも、施行規則54条の記載事項が揃っていれば賃金台帳として有効です。ただし手書き・Excel運用は、タイムカードとの転記ミスや計算誤りが起きやすく、審査での突合不一致の温床になりがちです。従業員数が10名を超えたあたりからは、勤怠連携のある給与ソフトに寄せたほうが、助成金対応のコストは確実に下がります。迷ったら厚生労働省の参考様式（様式第20号）の項目立てに合わせておけば、法定事項の抜けは防げます。
賃金台帳の整備は「申請直前」ではなく「訓練開始前」に
賃金台帳の不備は、支給申請の直前に発覚しても直せないものが多いです。労働時間数の欄が1年分空欄だった、タイムカードと台帳が半年分ズレていた、という状態は、申請期限までの数週間ではまず解消できません。訓練計画の提出や転換の実施と同じタイミングで、賃金台帳の出力設定と突合チェックを済ませておくのが、結局いちばんの近道です。
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この記事は補助金ナビ編集部がお届けしました。
免責事項
本記事の情報は2026年8月3日時点の厚生労働省・e-Gov法令検索の公表資料に基づく参考情報です。助成金の制度内容・添付書類の取り扱いは予告なく変更される場合があります。申請にあたっては、必ず管轄の都道府県労働局または厚生労働省の公式サイトで最新の支給要領・申請様式をご確認ください。本記事の情報に基づく申請の結果について、当サイトは一切の責任を負いません。また、賃金台帳の調製・個別の労務管理に関する具体的判断は社会保険労務士等の専門家にご相談ください。
参考・出典
- 労働基準法（第108条・第109条・第120条・第143条） — e-Gov法令検索（参照日: 2026-08-03）
- 労働基準法施行規則（第54条・第55条） — e-Gov法令検索（参照日: 2026-08-03）
- 主要様式ダウンロードコーナー（労働基準法等関係主要様式） — 厚生労働省（賃金台帳 様式第20号・第21号）（参照日: 2026-08-03）
- 人材開発支援助成金の申請書類一覧 — 厚生労働省（参照日: 2026-08-03）
- キャリアアップ助成金のご案内（令和8年度版） — 厚生労働省（参照日: 2026-08-03）
