【2026年10月】インボイス2割特例終了！対策と補助金

2023年10月に始まったインボイス制度。導入時の激変緩和措置として設けられた「2割特例」は、多くの小規模事業者にとって消費税納税の負担を大幅に軽減してくれる制度でした。

しかし、この2割特例は2026年9月30日をもって終了します。令和8年度（2025年12月）の税制改正大綱では、個人事業主に限り「3割特例」として2年間延長されることが決まりましたが、法人は対象外です。

さらに、免税事業者からの仕入れに対する経過措置（仕入税額控除の割合）も、80%から70%に引き下げられます。これは、免税事業者と取引のある課税事業者にも直接影響する変更です。

本記事では、2026年10月の制度変更の全体像を整理した上で、デジタル化・AI導入補助金のインボイス枠を活用した会計ソフト導入や、簡易課税・原則課税の選択判断など、中小事業者が今すぐ取るべき対策を具体的に解説します。

「2割特例があるから大丈夫」と思っていた方にとって、この制度変更は消費税の実質的な負担増を意味します。特に、これまで消費税の確定申告で仕入税額控除の計算を省略してきた方は、会計処理の方法そのものを見直す必要があるかもしれません。しかし、適切に対策を講じれば、補助金を活用してコストを抑えながらスムーズに移行することが可能です。

何が変わるのか — 2026年10月のインボイス制度変更まとめ

2026年10月1日以降、インボイス制度に関連する2つの大きな変更が同時に発生します。全体像を一覧表で確認しましょう。

変更項目	2026年9月まで	2026年10月から	影響を受ける人
2割特例（売り手側）	売上税額の2割で納税可能	終了（個人は3割特例に移行）	インボイス登録した小規模事業者
仕入税額控除の経過措置（買い手側）	免税事業者からの仕入れの80%を控除可能	70%に縮小	免税事業者と取引する課税事業者

この2つの変更は、それぞれ「売り手側」と「買い手側」に影響します。自社がどちらの立場にあるか（または両方か）を確認した上で、対策を進めましょう。

なお、これらの変更は独立した制度改正ですが、実務上は同じ事業者が両方の影響を受けるケースも少なくありません。たとえば、自身がインボイス登録した個人事業主（売り手側の影響）であると同時に、外注先に免税事業者がいる場合（買い手側の影響）は、両面からの対策が求められます。

仕入税額控除の経過措置 — 段階的縮小スケジュール

免税事業者からの仕入れに対する仕入税額控除の経過措置は、令和8年度税制改正大綱により、当初の予定よりも緩やかなスケジュールに見直されました。

期間	控除割合	備考
2023年10月〜2026年9月	80%	現行（3年間）
2026年10月〜2028年9月	70%	改正後（当初50%予定→70%に緩和）
2028年10月〜2030年9月	50%	2年間
2030年10月〜2031年9月	30%	1年間
2031年10月〜	0%	経過措置終了

2割特例の終了 — 法人と個人事業主で異なる影響

2割特例とは、インボイス制度の開始に伴い免税事業者からインボイス発行事業者（課税事業者）になった方が、売上にかかる消費税額の2割だけを納税すればよいという負担軽減措置です。この制度のおかげで、多くの小規模事業者がインボイス登録に踏み切ることができました。

2割特例の対象となるのは、インボイス制度を機に免税事業者から課税事業者になった事業者で、基準期間の課税売上高が1,000万円以下の方です。事前届出は不要で、確定申告の際に2割特例を適用するかどうかを選択できるという手軽さも特徴でした。

2割特例の仕組み（おさらい）

通常、消費税の計算は「売上にかかる消費税 − 仕入れにかかる消費税 = 納税額」ですが、2割特例を適用すると、仕入税額控除の計算を一切行わず、売上税額 × 20% = 納税額という非常にシンプルな計算になります。

たとえば、年間売上550万円（税込）のフリーランスの場合：

計算方法	納税額
2割特例（現行）	50万円 × 20% = 10万円
3割特例（2026年10月〜、個人のみ）	50万円 × 30% = 15万円
原則課税（仕入れが少ない場合）	最大50万円（仕入なしの場合）

法人と個人事業主で対応が異なる

3割特例の延長 — 個人事業主のみの救済措置

令和8年度税制改正大綱（2025年12月公表）により、個人事業主に限り「3割特例」が新設されました。これは2割特例の後継措置として位置づけられています。

3割特例の概要

項目	内容
対象者	インボイス制度を機に免税事業者から課税事業者になった個人事業主（法人は対象外）
納税額	売上にかかる消費税額の3割（2割特例より10ポイント増）
適用期間	2026年10月〜2028年12月（2028年分の確定申告まで）
届出	事前届出不要（確定申告時に選択可能）
根拠	令和8年度（2025年12月19日）与党税制改正大綱

3割特例から簡易課税への移行が容易に

税制改正大綱では、3割特例の適用を受けたインボイス発行事業者が、その適用を受けた課税期間の翌課税期間に係る確定申告期限までに簡易課税制度選択届出書を提出したときは、翌課税期間から簡易課税制度の適用が認められるという特例も盛り込まれています。

つまり、3割特例を使いながら簡易課税への移行準備を進めることが可能です。個人事業主の方は、この2年間の猶予期間を有効に活用しましょう。

3割特例と2割特例の違い — 注意すべきポイント

3割特例は2割特例の単純な延長ではありません。以下の点に注意が必要です。

• 納税割合が10ポイント増加：売上税額の2割→3割になるため、同じ売上でも納税額は1.5倍に増えます
• 法人は対象外：2割特例は法人・個人問わず適用できましたが、3割特例は個人事業主のみです
• 適用期間は2年間のみ：2028年12月（2028年分の確定申告）で終了します。その後は簡易課税か原則課税のいずれかに移行する必要があります
• さらなる延長は不透明：3割特例のさらなる延長が行われるかどうかは現時点では不明です。恒久的な制度ではないため、簡易課税への移行準備を並行して進めることを強くお勧めします

対応補助金ガイド — デジタル化・AI導入補助金のインボイス枠

インボイス制度への対応で会計ソフトや受発注システムの導入・入替が必要になった事業者にとって、デジタル化・AI導入補助金（旧：IT導入補助金）のインボイス枠は非常に強力な支援制度です。

2026年度から名称が「IT導入補助金」から「デジタル化・AI導入補助金」に変更されましたが、インボイス枠はそのまま継続されています。

インボイス枠の2つの類型

1. インボイス対応類型

インボイス制度に対応した「会計」「受発注」「決済」機能のいずれかを含むソフトウェアの導入を支援する類型です。ハードウェアの購入費用も対象になるのが大きな特徴です。

対象経費	補助上限額	補助率
ソフトウェア購入費・導入関連費（50万円以下の部分）	50万円	3/4以内（小規模事業者は4/5以内）
ソフトウェア購入費・導入関連費（50万円超の部分）	350万円	2/3以内
PC・タブレット等	10万円	1/2以内
レジ・券売機等	20万円	1/2以内

対象となるソフトウェアは、以下の機能のうち1種類以上を保有するものです。

• 会計ソフト：freee会計、マネーフォワード クラウド、弥生会計オンラインなど
• 受発注ソフト：受注管理、発注管理、在庫管理機能を含むもの
• 決済ソフト：キャッシュレス決済、POSレジ連動ソフトなど
• ECソフト：EC販売管理、オンラインショップ管理機能を含むもの

加えて、機能拡張ツール、データ連携ツール、セキュリティ対策ソフト、導入コンサルティング費用、設定・研修費用、保守サポート費用もオプションとして補助対象に含まれます。

補助金申請のポイント — 採択率を上げるために

デジタル化・AI導入補助金の申請にあたっては、以下のポイントを押さえておくと採択の可能性が高まります。

• IT導入支援事業者との連携：この補助金は、登録されたIT導入支援事業者を通じて申請する必要があります。事業者選びは早めに始めましょう
• gBizIDプライムの事前取得：申請にはgBizIDプライムが必須です。取得に2〜3週間かかるため、未取得の方は今すぐ手続きを開始してください
• 経営課題の明確化：申請書では、ITツール導入によってどのような経営課題を解決するかを具体的に記載する必要があります。「インボイス対応のため」だけでなく、業務効率化や生産性向上の観点も盛り込みましょう
• 「みらデジ」経営チェックの実施：申請前に中小企業庁の「みらデジ」で経営チェックを実施しておく必要があります

2. 電子取引類型

こちらは、発注側の企業がインボイス対応のITツール（主に受発注ソフト）を導入し、その取引先である中小企業・小規模事業者にも同ツールを無償提供するケースが対象です。

項目	内容
補助上限額	350万円
補助率	中小企業・小規模事業者：2/3以内、大企業：1/2以内
対象経費	受発注ソフト、クラウド利用料（最大2年分）
対象事業者	大企業も対象（他の枠は中小企業・小規模事業者のみ）

申請スケジュール

簡易課税 vs 原則課税 — どちらを選ぶべきか？

2割特例（法人）または3割特例（個人事業主、2028年度まで）の終了後は、簡易課税制度か原則課税のいずれかで消費税を計算することになります。ここでは、両者の違いと選択のポイントを解説します。

簡易課税と原則課税の比較

比較項目	簡易課税	原則課税
計算方法	業種ごとのみなし仕入率で控除額を計算	実際の仕入れ・経費にかかった消費税で控除額を計算
メリット	経理処理が簡単、帳簿付けの負担が少ない	仕入税額控除が正確、大きな設備投資時に有利
デメリット	実際の仕入れより控除額が少なくなる場合がある	経理処理が複雑、インボイスの保存管理が必要
適用条件	基準期間の課税売上高が5,000万円以下	制限なし
届出	事業年度開始前に「簡易課税制度選択届出書」を提出	届出不要（原則として自動適用）
還付	消費税の還付を受けられない	仕入れ＞売上の場合、還付を受けられる

簡易課税のみなし仕入率

簡易課税では、業種ごとに定められた「みなし仕入率」を使って仕入税額控除を計算します。実際の仕入れ額に関わらず、売上税額にみなし仕入率を掛けた金額が控除額になります。自社の事業がどの区分に該当するかを正しく判断することが、簡易課税を選択する上で最も重要なポイントです。

事業区分	該当する事業	みなし仕入率
第1種（卸売業）	他の事業者への販売	90%
第2種（小売業等）	消費者への直接販売	80%
第3種（製造業等）	製造業、建設業、農林漁業等	70%
第4種（その他）	飲食業等	60%
第5種（サービス業等）	運輸通信業、金融保険業、サービス業	50%
第6種（不動産業）	不動産業	40%

どちらを選ぶべきか？ — 判断フローチャート

今すぐやるべき5つの対策

2026年10月の制度変更まで、あと約7ヶ月です。「まだ先のこと」と感じるかもしれませんが、簡易課税の届出書提出、補助金の申請準備、会計ソフトの選定・導入には、それぞれ時間がかかります。以下の5つの対策を、優先度の高い順に実行していきましょう。

よくある質問（FAQ）

まとめ

2026年10月のインボイス制度変更は、2割特例を利用してきた多くの中小事業者にとって大きな転換点です。改めて、押さえておくべきポイントを整理します。

制度変更は待ってくれません。「まだ半年以上あるから」と後回しにせず、まずは影響額の試算と顧問税理士への相談から始めてください。

特に重要なのは、デジタル化・AI導入補助金のインボイス枠の活用です。1次締切は2026年5月12日で、交付決定後の導入期間を考えると、10月の制度変更に間に合わせるにはこのタイミングでの申請が理想的です。会計ソフトの導入を検討している方は、IT導入支援事業者への相談も早めに進めましょう。

2割特例の終了は避けられない変更ですが、適切な準備をすれば、納税負担の最適化と業務効率化を同時に実現できます。この記事で紹介した対策を一つずつ確実に実行し、制度変更に備えてください。

参考・出典

1. 国税庁 — 2割特例（インボイス発行事業者となる小規模事業者に対する負担軽減措置）の概要
2. 税理士法人山田&パートナーズ — インボイス発行事業者となる小規模事業者の経過措置（2割特例）の見直し
3. フリーランス協会ニュース — インボイス負担軽減措置の延長。2割特例から3割特例へ
4. デジタル化・AI導入補助金2026 公式サイト — インボイス枠（インボイス対応類型）
5. 補助金ポータル — デジタル化・AI導入補助金とは？【2026年・令和8年度】補助率や申請枠・変更点についても解説
6. G1-info — 【デジタル化・AI導入補助金2026】各申請スケジュール
7. 日本経済新聞 — 免税事業者からの仕入れ控除、8割→7割に インボイス巡り政府・与党
8. 全国商工団体連合会 — 2026年与党税制改正大綱 インボイス”定着”へ特例を改悪
9. 中小企業庁 — デジタル化・AI導入補助金 チラシ（PDF）

※ 本記事に記載の税制・補助金情報は2026年3月4日時点の公開情報に基づいています。税制は変更される可能性があるため、具体的な税務判断は必ず顧問税理士にご相談ください。本記事は情報提供を目的としており、税務アドバイスを行うものではありません。