M&Aを成立させた後、実はそこからが本当の勝負だ。2社のシステムをどう統合するか、人材はどう配置し直すか、ブランドをどう扱うか——こうした経営統合プロセス（PMI）の失敗がM&Aの失敗と直結する。中小企業のM&A後の経営統合を支援するために設けられた「事業承継・M&A補助金 PMI推進枠」は、統合に必要な専門家費用やシステム投資費用の最大1,000万円を補助する制度だ。
2026年2月27日に始まった第14次公募では、PMI推進枠が引き続き「PMI専門家活用類型」（上限150万円）と「事業統合投資類型」（上限800万円〜1,000万円）の2類型で公募されている。近年ではAIを活用した会計システム統合や顧客データ統合が注目されており、事業統合投資類型でのAIシステム導入費用も補助対象になる。
この記事では、PMI推進枠の制度概要から、2類型の使い分け、AI活用ユースケース、必要書類、審査で評価されるポイントまでを、公募要領に基づいて解説する。
まず数字から確認しよう。PMI推進枠は2つの類型に分かれており、申請前の状況（M&A完了前後）によって使える類型が異なる。
| 項目 | PMI専門家活用類型 | 事業統合投資類型 |
|---|---|---|
| 補助率 | 1/2以内 | 1/2以内（小規模事業者は2/3以内） |
| 補助上限額 | 150万円 | 800万円（賃上げ達成で1,000万円） |
| 主な対象経費 | PMI支援専門家への謝金・旅費・委託費 | 設備費・ITシステム構築費・外注費・委託費 |
| 申請タイミング | M&A着手・実施予定段階から申請可（専門家活用枠と同時申請の場合） | クロージング完了後 |
| DDの実施 | 必須（DDレポートまたは契約書等が必要） | 必須 |
| PMI実施期間 | クロージング日から1年以内 | クロージング日から1年以内 |
※ 上記は第14次公募（2026年2月27日〜4月3日）の情報です。補助率・上限額は公募回ごとに変更される場合があります。必ず事業承継・M&A補助金事務局の公式サイトで最新の公募要領をご確認ください。
賃上げ要件（事業場内最低賃金＋50円以上）を達成する計画がある場合、事業統合投資類型の上限は800万円から1,000万円に引き上げられる。M&A後の統合効果として人員体制を整えるなら、賃上げ計画を申請書に織り込む価値がある。
補助金全般の比較については、AI導入に使える補助金5選 徹底比較も参考にしてほしい。
PMI推進枠の対象者と申請条件
PMI推進枠を使えるのは、M&Aによって事業を譲り受けた側（買い手）の中小企業・小規模事業者だ。以下の条件を満たす必要がある。
- 中小企業基本法に定める中小企業者または個人事業主であること
- M&Aの最終契約が締結されていること（単独申請の場合は公募申請時点）
- クロージングが交付申請時点で完了していること
- M&A成立前（クロージング前）にデュー・デリジェンス（DD）を実施していること
- 補助対象となるPMIがクロージング日から1年以内に実施されること
重要なのは「DDが実施済みであること」の要件だ。DDなしでM&Aを成立させた場合、PMI推進枠への申請ができない。正直、この要件で弾かれる案件は実務上かなり存在する。M&A検討段階から補助金活用を念頭に置くなら、DD費用については「専門家活用枠 買い手支援類型」を先に使うという流れが合理的だ。
M&A後にAIを活用する3つのユースケース
「PMIでAI」と聞くとピンとこないかもしれないが、買収後の経営統合こそAIが最も力を発揮する場面のひとつだ。統合作業は膨大なデータと反復作業の連続であり、人手でやると時間とコストが跳ね上がる。
ユースケース1: 会計・基幹システムの統合
2社で別々に使っていた会計システムを統一するのはPMIの定番課題だ。データ形式の変換、コードマスタの統合、過去データの移行——これらをAIツールで自動化すると、従来3〜6ヶ月かかる作業が大幅に短縮できる。
具体的には、AI搭載のデータ変換ツールが両社の勘定科目体系を自動マッピングし、変換ルールを提案する。人間はそのルールを確認・承認するだけでいい。事業統合投資類型では、こうしたシステム構築費・外注費が補助対象となる。
ユースケース2: 顧客データの統合・分析
> 事例区分: 想定シナリオ
> 以下は100社以上のAI導入支援経験をもとに構成した典型的な活用シナリオです。
製造業の中小企業がM&Aで販路拡大を目的に別会社を買収したとする。双方が保有する顧客データ（取引履歴、受発注データ、担当者情報）を統合すれば、クロスセルの機会が見えてくる。ただし、データのフォーマットがバラバラで手作業での統合には数ヶ月かかる。
ここでAI-OCRとデータ統合ツールを組み合わせると、紙や異形式の顧客データを一元化できる。統合後のデータをAIで分析すれば、どの既存顧客に新会社の製品を提案すべきかが可視化される。この顧客データ統合基盤の構築費用は事業統合投資類型での補助対象に含まれる。
ユースケース3: 業務マニュアル・ナレッジの統合
M&A後に必ず発生するのが「あの会社ではこうやっていた」問題だ。2社のやり方が混在し、現場が混乱する。両社の業務マニュアルや社内規定をAIで整理・統合し、統一された運用ドキュメントを自動生成するという使い方がある。
大量の文書を読み込んで矛盾点を抽出し、統合案を提示するAIツールはすでに実用化されている。外注費・委託費として計上できるケースが多く、PMI推進枠で活用しやすい経費カテゴリだ。
他の枠との関係と使い分け
事業承継・M&A補助金には4つの枠があり、M&Aのプロセス全体をカバーする設計になっている。PMI推進枠はM&A「後」の枠なので、他の枠と時系列で組み合わせることが重要だ。
| 枠名 | 主なフェーズ | 補助率 | 上限額 | 主な対象経費 |
|---|---|---|---|---|
| 事業承継促進枠 | 承継前（親族・社内承継） | 1/2〜2/3 | 800万円〜1,000万円 | 設備投資・システム投資 |
| 専門家活用枠 買い手支援類型 | M&A実行前（DD・仲介費） | 1/2 | 600万円 | M&A仲介手数料・DD費用 |
| 専門家活用枠 売り手支援類型 | M&A実行前（売り手側） | 2/3 | 600万円 | M&A仲介手数料・DD費用 |
| PMI推進枠（専門家活用類型） | M&A後（統合専門家） | 1/2 | 150万円 | PMIコンサルティング費 |
| PMI推進枠（事業統合投資類型） | M&A後（システム・設備） | 1/2〜2/3 | 800万円〜1,000万円 | ITシステム構築・設備投資 |
| 廃業・再チャレンジ枠 | 廃業時の整理費用 | 2/3 | 150万円 | 廃業に伴う各種費用 |
※ 補助率・上限額は第14次公募の情報。枠ごとに変更される場合があります。
同一公募回でのPMI専門家活用類型と事業統合投資類型の同時申請は認められていない。まず専門家を使って統合計画を固め（専門家活用類型）、その後の設備・システム投資に事業統合投資類型を使うという2段階の使い方が基本だ。
なお、PMI推進枠は廃業・再チャレンジ枠と同時に申請することが可能で、PMI推進枠の専門家活用類型と組み合わせると廃業費用の補助も受けられる（150万円以内を追加）。
申請に必要な書類
PMI推進枠は「M&Aが実際に行われた」という証拠書類が多く求められる。一般的な補助金より書類の準備が複雑なので、早めに揃えておくことが重要だ。
全申請者共通
- 申請書（PMI事業計画書）— 統合内容、期待効果、実施スケジュール、費用内訳を記載
- 履歴事項全部証明書（法人）または住民票（個人事業主）
- 直近2期分の決算書（貸借対照表・損益計算書）
- GビズIDプライムのアカウント情報（電子申請に必須）
M&A実施証明
- 最終契約書（株式譲渡契約書・事業譲渡契約書等）の写し
- クロージング完了を証明する書類（株式の引渡し証明、登記変更書類等）
- 基本合意書（LOI）の写し（M&A着手を証明）
DDの実施証明
- DDレポートまたはDD実施の契約書
- DDを専門家（公認会計士・税理士・弁護士等）に依頼した場合は委託契約書と請求書
見積書（事業統合投資類型）
- 導入するシステム・設備の見積書（原則として2者以上から取得）
- 複数見積が困難な場合は、その理由を申請書に記載
「相見積2者以上」は実務でよく見落とされる要件だ。仕様が決まっていないうちから2社に声をかけておくと後が楽になる。
審査で加点されるポイント
第13次公募の採択率は全体で約60.9%（採択件数/申請件数）。PMI推進枠も同程度の水準とされているが、申請書の完成度次第で採否は分かれる。審査で評価されやすい要素を整理した。
1. PMIの課題が数字で示されている
「統合作業に手間がかかっている」では評価されない。「受注管理システムが2系統あり月100時間の二重入力作業が発生している」のように、Before の状態を定量化して示す必要がある。
2. 統合後の効果が具体的なKPIで示されている
「業務効率が向上する」は採択されない。「システム統合により受注管理工数を月100時間→20時間に削減（80%減）」「顧客データ統合により提案商材数を平均3件→8件に拡大（2.7倍）」のように、測定可能な目標値を設定する。
3. M&A後の相乗効果（シナジー）との連動
PMIの目的はM&Aのシナジー効果を実現することだ。「なぜこのM&Aを行ったのか」「統合によって何を達成したいのか」という戦略的な背景と、補助金で行うPMI施策が論理的につながっていることが重要だ。
4. 実施体制の現実性
誰が・いつまでに・どこまでやるかが明確に示されていること。外部専門家（ITベンダー、PMIコンサルタント）との役割分担も含めて記載する。AIシステムの構築を外注する場合は、ベンダーの実績・資格も添付できると心証がよい。
5. 賃上げ計画（加点項目）
事業統合投資類型では、事業場内最低賃金を50円以上引き上げる計画があると補助上限が800万円→1,000万円に拡大される。M&A後の人材統合・再配置の文脈で賃上げを計画している場合は、必ず申請書に盛り込む。
交付決定前に動いてはいけない——申請の鉄則
PMI推進枠に限らず、補助金全般で最も多い失敗がこれだ。
陥りがちな失敗パターン
- ❌ 採択通知が来たらすぐにシステム開発を発注する
- ⭕ 交付決定通知を受け取ってから発注・契約する
採択≠交付決定。採択後も交付申請の審査があり、交付決定が下りるまでに2〜4週間かかる。この期間に動いた経費は一切補助対象外になる。 - ❌ クロージング前のPMI費用を申請する
- ⭕ クロージング完了後の費用を申請する
補助対象はクロージング日以降に発生した費用のみ。M&A交渉中に使ったコンサルティング費は対象外なので注意。 - ❌ 2者見積もりを省略してシステム会社を1社に絞る
- ⭕ 原則として2者以上から見積もりを取得する
特定のベンダーと長い付き合いがあっても、書類上は複数見積もりが必要。仕様書を共通化して2社以上に配布しておくこと。 - ❌ PMI計画を曖昧にしたまま申請する
- ⭕ 統合の課題・施策・KPI・担当者・スケジュールを具体的に記載する
「システムを統合する予定」「専門家に依頼する」では審査が通らない。何を・誰が・いつまでに・どの程度改善するかを数字で示すこと。
申請から補助金交付までの全工程
Step 1: GビズIDプライムの取得（所要: 1〜2週間）
電子申請（jGrants）にはGビズIDプライムが必要。法人は印鑑証明書、個人事業主は住民票が必要で、郵送手続きのため時間がかかる。まだ取得していなければ最優先で動くこと。
Step 2: M&A・DD書類の整理（所要: 1〜2週間）
最終契約書、クロージング証明書、DDレポートなど、申請に必要な書類を一か所に集める。DDレポートがまだ完成していない場合は、DD実施の契約書や発注書でも対応できる場合があるが、事務局への事前確認が必要。
Step 3: PMI事業計画書の作成（所要: 2〜4週間）
補助金申請の核となる書類。M&Aの目的・統合の課題・実施する施策・期待するKPI・実施体制・スケジュール・費用内訳を記載する。できれば外部のPMIコンサルタントや認定支援機関にレビューを依頼しておくと完成度が上がる。
Step 4: 見積書の取得（事業統合投資類型）
導入するシステムや設備について、原則2者以上から見積書を取得する。AIシステムの構築など、複数ベンダーへの相見積が難しいケースは申請書に理由を明記すること。
Step 5: jGrantsで電子申請（2026年4月3日 17:00 締切）
第14次公募の申請期間は2026年2月27日〜4月3日17:00。jGrantsにログインしてオンラインで申請する。添付書類はPDF化してアップロードする。申請直前は混雑するため余裕を持って提出すること。
Step 6: 採択通知・交付申請
採択通知が届いてから交付申請を行う。交付決定が下りるまでの間は、補助対象となる経費の発注・契約を行ってはならない。
Step 7: 事業実施・実績報告
交付決定後、計画に沿ってPMI施策を実施。補助事業期間（クロージングから1年以内）中に完了させる必要がある。完了後に実績報告書と証拠書類を提出する。
Step 8: 補助金の交付（後払い）
実績報告の審査後、補助金が交付される。補助金は後払いのため、先払いの原資となる手元資金を確保しておくことが必須だ。
PMI推進枠の申請で見落とされがちな要件チェックリスト
実際に申請支援をしていると、書類の不備よりも「そもそも要件を満たしていなかった」という事態が多い。以下のチェックリストで申請前に確認しておこう。
| 確認項目 | ポイント | OK/要確認 |
|---|---|---|
| 中小企業要件を満たすか | 業種別の資本金・従業員数の基準を確認（製造業なら資本金3億円以下 or 従業員300人以下） | □ |
| M&Aが最終契約締結済みか | 株式譲渡契約書または事業譲渡契約書が手元にあるか | □ |
| DDを実施したか | DDレポートまたはDD依頼の契約書・請求書があるか | □ |
| クロージングから1年以内か | クロージング日を基点に、補助事業期間内（1年以内）にPMIを完了できるか | □ |
| GビズIDプライムを取得済みか | 電子申請（jGrants）にはGビズIDプライムが必要。未取得なら最優先で手続きを | □ |
| 2者以上から見積もりを取得済みか（投資類型） | 特定の1社に絞っている場合は、もう1社からも見積もりを取っておく | □ |
| 賃上げ計画を盛り込めるか（投資類型） | 上限800万円→1,000万円への引き上げ要件。人材統合計画と連動して検討を | □ |
このリストで「要確認」が1つでもあれば、申請前に解消しておく必要がある。特にDD未実施は致命的で、後から遡って実施することはできない点に注意してほしい。
中小企業のM&A後に補助金でAI導入した場合の試算
事業統合投資類型を使ったAIシステム導入の費用感を試算してみる。
> 事例区分: 想定シナリオ
> 以下は補助金ナビ編集部が公募要領の補助率・上限額をもとに作成した参考試算です。実際の金額は見積もりにより異なります。
| 施策 | 総費用（税抜） | 補助率 | 補助額 | 自己負担 |
|---|---|---|---|---|
| 会計システム統合（AI補助） | 600万円 | 1/2 | 300万円 | 300万円 |
| 顧客DBの統合・AI分析基盤 | 800万円 | 1/2 | 400万円 | 400万円 |
| 業務マニュアル生成AI導入 | 200万円 | 1/2 | 100万円 | 100万円 |
| 合計 | 1,600万円 | — | 800万円（上限） | 800万円 |
1,600万円の統合投資に対して補助上限800万円を受けることで、実質負担は半分になる。賃上げ計画があれば上限1,000万円まで拡大できる。
申請前に確認すべきQ&A
- Q: M&Aを完了させてから何年以内なら申請できる？
- 補助対象となるPMIはクロージング日から1年以内に実施されるものが対象です。クロージングから時間が経つほど申請しにくくなります。M&A完了後すぐに次の公募スケジュールを確認することをお勧めします。
- Q: 専門家活用枠でDD費用を補助してもらい、その後PMI推進枠を使えるか？
- はい、可能です。時系列が前後しない形であれば、専門家活用枠（M&A前）→ PMI推進枠（M&A後）という2段階の活用は認められています。ただし、同一公募回での専門家活用類型と事業統合投資類型の同時申請は不可です。
- Q: 売り手側の会社もPMI推進枠を申請できるか？
- PMI推進枠は買い手（承継者）側の申請が原則です。売り手側は専門家活用枠の売り手支援類型や廃業・再チャレンジ枠が対象となります。
- Q: AI導入費用はどこまで補助対象になるか？
- 事業統合投資類型では「設備費・システム購入・構築費・外注費・委託費」が対象経費です。AIシステムの開発・導入費（ソフトウェア購入費、クラウド利用料の一部、システム構築の外注費）は補助対象に含まれます。ただしPCなどの汎用機器は原則対象外です。詳細は公募要領の「補助対象経費」欄で確認してください。
今日から始める申請準備の3ステップ
第14次公募の締切は2026年4月3日17:00。残り時間を考えると、今から動いても間に合う。
- 今日やること: GビズIDの取得状況を確認する。未取得なら今日中に申請（GビズID登録ガイド）。取得済みなら公式サイトで第14次公募の要領PDFをダウンロードして読む。
- 今週中: M&A関連書類（最終契約書・DDレポート）を揃え、申請する類型（専門家活用 or 事業統合投資）を確定する。自社がどちらの類型で何を申請するかを明確にしておく。
- 今月中: PMI事業計画書の骨子を作成し、認定支援機関または外部PMIコンサルタントにレビューを依頼する。AI導入を計画しているなら、ITベンダーへの見積依頼も同時に進める。
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- GビズID登録の完全ガイド — 電子申請の第一歩を手順付きで解説
- AI導入に使える補助金5選 徹底比較 — 自社に最適な補助金を選ぶための比較表
AI導入によるPMI加速を検討しているなら、計画策定の段階から専門家のサポートを受けることで申請書の完成度が大きく変わります。株式会社Uravationでは、中小企業のAI導入研修・導入支援を行っており、PMI文脈でのAI活用計画の策定もご相談いただけます。お問い合わせフォームからお気軽にご連絡ください。
この記事は補助金ナビ編集部がお届けしました。
免責事項
本記事の情報は2026年3月13日時点の公表資料に基づく参考情報です。事業承継・M&A補助金の制度内容（補助率・上限額・対象経費・公募スケジュール等）は公募回ごとに変更される場合があります。申請にあたっては、必ず事業承継・M&A補助金事務局の公式サイトで最新の公募要領をご確認ください。本記事の情報に基づく申請の結果について、当サイトは一切の責任を負いません。
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- 事業承継・M&A補助金14次公募｜全4枠の要件と申請のコツ — PMI推進枠以外の3枠の要件と申請のコツ
参考・出典
- 事業承継・M&A補助金 公式サイト（第14次公募） — 事業承継・M&A補助金事務局（参照日: 2026-03-13）
- 第14次公募 PMI推進枠（PMI専門家活用類型）公募要領PDF — 事業承継・M&A補助金事務局（参照日: 2026-03-13）
- 事業承継・M&A補助金（十四次公募）の公募要領を公表します — 中小企業庁（参照日: 2026-03-13）
- 中小企業庁担当者に聞く「事業承継・M&A補助金（令和6年度補正）」 — ミラサポplus（参照日: 2026-03-13）
- 公募要領等ダウンロード — 事業承継・引継ぎ補助金事務局（参照日: 2026-03-13）
